Van zijn films zijn er vele onderscheiden. Voor het drieluik Levensberichten, over de oncologische afdeling van het VUMC, won hij de "Nipkow-schijf", en zijn kunstdocumentaire De wording werd bekroond met een Gouden Kalf. Voor de film De droom van de beer, over de teloorgang van Sovjet-circus, werd hem in Berlijn in 2001 de prestigieuze Prix Europa toegekend.

Samen met trompettist André Heuvelman maakte Duyns de theatervoorstellingen Windkracht en, met sopraan Barbara Hannigan en slagwerker Peter Prommel, Kwam een vogel gevlogen. Hij stond ook zelf op het toneel: met schilder en schrijver Armando en de onmisbare bijdrage van dichter/schrijver Johnny van Doorn, schreef én speelde Duyns bijna een kwart eeuw Herenleed, zowel voor de televisie als in het theater. De ondertitel van dat programma 'weemoed en verlangen' gaat op voor Duyns’ gehele oeuvre.

 
Duyns in Herenleed
Muziek vormt in dat oeuvre een belangrijke rode draad. Met Reinbert de Leeuw maakte Duyns in de jaren '90 voor de VPRO Toonmeesters, een achtdelige documentairereeks over de eigentijdse componisten Messiaen, Kagel, Vivier, Ligeti, De Vries, Goebaidoelina, Górecki en Oestvolskaya. Ook verfilmde hij Reinbert de Leeuws compositie Im wunderschönen Monat Mai, met een hoofdrol voor Barbara Sukowa. In 2013 maakte Duyns in Londen de film Misha enzovoort, over het aangrijpende afscheid van improvisatielegende Misha Mengelberg van de internationale podia. In 2019, een jaar na diens dood, bracht hij een ode aan Armando in Ik hoorde dat er geluisterd werd, begeleid door de Oekraïense accordeonist en bandoneonist Oleg Lysenko.

In oktober 2014 werd Cherry Duyns voor zijn unieke culturele bijdragen benoemd tot Ridder in de Orde van de Nederlandse Leeuw.

In 2015 voltooide hij samen met componist Guus Janssen de onvoltooide opera De koeien van Misha Mengelberg. Cherry Duyns schreef het libretto en regisseerde de voorstelling die in het kader van het Holland Festival als Koeien – opera Misha, in première ging. Over het werk van Duyns verscheen de monografie Herfstlied van John Heymans in 2006 bij uitgeverij Rap te Amsterdam. Zijn zoon, Don Duyns heeft zijn vaders voetsporen gevolgd in het theater en de televisie.