De kleine Johannes van Frederik van Eeden gaat over een jongetje genaamd Johannes. Johannes is denk ik rond de zeven jaar, ik weet het niet zeker want het staat niet in het boek. Johannes woont in een huis aan de rand van een bos en vlak bij de duinen. Achter in de grote tuin was een vijvertje, waar hij heel graag zat. Hij ging samen met zijn hond Presto vaak naar dat plekje. Op een dag besloot hij om met een klein roeibootje het vijvertje op te varen. Als hij midden op het vijvertje zit komt er een blauw mannetje aanvliegen. Het blauwe mannetje noemt zichzelf windekind.

Windekind maakt Johannes net zo klein als hijzelf en ze gaan eropuit om door het bos heen te lopen. Johannes praat met allemaal verschillende soorten dieren en zelfs met de elfenkoning, van wie hij een gouden sleuteltje krijgt die hij begraaft bij een roos. Aan het eind van de dag maakt windekind hem weer groot en gaat Johannes weer terug naar huis, maar hij mist windekind heel erg.

Op een dag kijkt Johannes uit  het raam en komt er een duif aanvliegen. De duif maakt Johannes weer klein en laat hem vliegen. Ze vliegen naar windekind.  Johannes blijft een hele tijd bij windekind en windekind laat Johannes alles zien. Ook verteld windekind Johannes sprookjes en legendes die de dieren onder elkaar vertellen. Op een keer vraagt Johannes aan windekind of hij een keer een kabouter mag spreken, dus gaan windekind en Johannes naar de oudste en wijste kabouter genaamd Wistik.

Wistik verteld Johannes over een boekje waarin staat waarom alles is zoals het is. Windekind zegt tegen Johannes dat hij het moet vergeten en er al helemaal niet naar moet gaan zoeken. Maar het boekje blijft door zijn hoofd heen spoken. Hij gaat dan ook op een nacht naar Wistik om te vragen hoe hij het boekje moet vinden. Wistik verteld hem een spreuk: ‘Mensen hebben het gouden kistje, elfen hebben de gouden sleutel, elfenvijand vindt het niet, mensenvriend slechts opent het. Lentenacht is de rechte tijd, en roodborstje weet de weg.’

Omdat Johannes windekind niet meer liefheeft maar met zijn gedachten bij het boekje zit, wordt hij weer groot en kan hij niet meer in het bos wonen. Hij loopt en loopt en vind een huisje. Hij vraagt aan de man en vrouw die daar wonen of hij daar mag blijven, want hij wil niet meer naar huis, en hij blijft daar.

Op een dag zit hij bij een stukje bos en ziet hij een meisje met een roodborstje. Ze heet Robinetta en Johannes wordt verliefd op haar. Hij verteld haar over het boekje en Robinetta verteld het aan haar ouders. De ouders nodigen hem uit bij hen thuis omdat ze denken dat de bijbel het boekje is waarnaar hij zoekt. Als Johannes verteld dat dat hem niet is, wordt hij uitgelachen en het huis uit gezet.

Hij loopt weer door het bos om windekind te vinden als hij een man tegenkomt. De man heet dokter Pluizer. Pluizer neemt hem mee naar de stad en laat hem de stad zien. Een goede vriend van Pluizer is de Dood. Pluizer, Dood en Johannes lopen elke avond door de stad en overdag werkt Johannes samen met dokter Cijfer die ook uitzoekt waarom alles is zoals het is, alleen gebruikt hij wetenschap.

Johannes heeft erg veel heimwee en op een dag nemen Pluizer en Cijfer hem mee naar huis. Als hij thuis komt ziet hij zijn vader die bijna sterft. Als hij gestorven is gaat Cijfer weg en probeert Pluizer zijn vader open te snijden om te kijken wat de oorzaak was. Johannes vecht met Pluizer want hij wil niet dat zijn vader wordt opengesneden. Omdat Johannes terugvecht verdwijnt Pluizer en is hij in de kamer samen met de Dood.

Toen ook de Dood weg was zag Johannes buiten een dwaallichtje. Hij volgde het dwaallichtje en ze kwamen uit in de duinen. Daar zag hij in een bootje windekind samen met de Dood. Aan de kant van de stad zag hij een soort man. Hij moest kiezen of met windekind mee of mee met de man. Hij koos voor de man.