Toen hij rond zijn dertigste zijn loopbaan als musicus moest opgeven door een onherstelbare beschadiging aan zijn linkerhand, ging hij serieus verder met schrijven. Hij debuteerde in 1987 met de roman Tamara’s lunapark. In 1991 kreeg hij voor zijn oeuvre (1987-1991) de literaire G.W.J. Paagman-prijs uitgereikt onder een commissie voorgezeten door Aad Nuis. Zijn bloemlezing Oost-Indische inkt. 400 jaar Indië in de Nederlandse letteren (1998) veroorzaakte veel beroering en polemiek binnen kringen van de Indische literatuur. Twee van zijn belangrijkste romans, Vogels rond een vrouw (1991) en De onschuld van een vis (1995), werden respectievelijk in 2000 en 2002 in vertaling in Indonesië uitgebracht. Van 2002 tot 2005 was Alfred Birney verbonden als columnist bij de Haagsche Courant, een baan die hij moeilijk kon combineren met zijn literaire werk. Zijn niet aflatende verdediging van de multiculturele samenleving werd hem niet altijd in dank afgenomen.

Alfred Birney is een representant van de Tweede Generatie Indische schrijvers, een groep waartoe onder meer Marion Bloem, Adriaan van Dis, Theodor Holman en Ernst Jansz gerekend worden. Vanwege de complexe en verouderende term ‘Indisch’ laten moderne literatuurwetenschappers deze groep schrijvers allengs onder de noemer ‘postkoloniale literatuur’ vallen. Alfred Birney verzet zich persoonlijk tegen categorisering van zijn persoon - niet van een deel van zijn werk - in zijn bundel essays Yournael van Cyberney (2001). Sommige romans en verhalen vertonen inderdaad geen spoor van het koloniale verleden van zijn familie. Een constante factor is de herinnering, die altijd een hoofdmotief in zijn boeken vormt, vooral die aan de internaten waarin hij opgroeide. In zijn roman Het verloren lied (2000) lijkt de schrijver tot een synthese van zijn uiteenlopende motieven te komen.

Na acht jaar afwezigheid op het literaire podium kwam Alfred Birney terug met zijn zogenaamde Rivieren-trilogie, waarin de echo van de koloniale geschiedenis van Nederland doorklinkt. De trilogie omspant een periode van omstreeks 1750 tot 250 jaar later. Drie landen spelen een rol in de zoektocht van de hoofdpersoon naar sporen uit het verleden: Schotland in Rivier de Lossie (2009), Nederland in Rivier de IJssel (2010) en Indonesië in Rivier de Brantas (2011). Alfred Birney verbindt als chroniqueur van Nederlands-Indië in deze novellen drie werelden (de Schots-Nederlandse, de Chinees-Nederlandse en Indonesisch-Nederlandse) naadloos met elkaar, terwijl elke novelle zich ook als een afgerond verhaal laat lezen. In Rivier de Lossie gaat een gitarist op zoek in Schotland naar zijn familiegeschiedenis en raakt er in de ban van een betoverende vrouw die hij meent te herkennen uit The Ferryman’s Daughter, een ballade van de Britse folkzanger Donovan. Tegen het decor van leisteen en voortspoedend water tijdens hun kortstondig samenzijn spelen actuele thema’s als oorlog, migratie, afkomst, de fascinatie voor het onbekende en het noodlot. In Rivier de IJssel ontmoet de hoofdpersoon een onbekende neef: een dubbelganger die hem een vervreemdend gevoel geeft over zijn afkomst en een grote kennis van het Nederlandse koloniale verleden aan de dag legt. Met dit boek toont de schrijver dat migratie geen eenrichtingsverkeer is en dat racisme overal op de loer ligt. Rivier de Brantas sluit de trilogie af rond een vloek die de gitarist wil bezweren door een bezoek aan het graf van zijn grootmoeder op Java. In het boek, vol tempowisselingen en vertellingen, passeert de Nederlandse koloniale geschiedenis de revue via de sporen en de portretten van een roemruchte en kleurrijke plantersfamilie op Oost-Java.

In 2012 verscheen zijn essay, De dubieuzen, als vervolg op de bloemlezing Oost-Indische inkt. 400 jaar Indië in de Nederlandse letteren (1998) en Yournael van Cyberney (2001). Alfred Birney stelt hierin onder meer het gebrek aan kennis van Nederland van de eigen koloniale geschiedenis aan de kaak via voorbeelden uit boeken van vergeten schrijvers uit de koloniale letteren.