Na een paar maanden werden ze overgeplaatst naar het kamp Tjideng, in een buitenwijk van Batavia. Zijn grootouders hebben de kampen niet overleefd. Hij schreef in 1981 over deze Japanse bezetting van Indonesië een boek Bezonken rood, vertaald in 1988 in het Engels als Sunken Red.[1] Zijn jeugd in Indonesië speelt ook een rol in zijn romans Het verzonkene en De zondvloed. Deze drie romans zijn later in één band uitgebracht.
Na de oorlog werd het gezin herenigd en verhuisde naar Balikpapan (Borneo, het huidige Kalimantan). Mevrouw Brouwers repatrieerde in 1947 met haar kinderen per schip naar Nederland. In 1948 kwam ook Brouwers' vader naar Nederland.

Tot 1950 woonde Brouwers thuis bij zijn ouders. Van zijn tiende tot zijn zestiende werd hij in diverse rooms-katholieke pensionaten in onder andere Limburg ondergebracht. De reden was dat hij een onhandelbaar kind zou zijn dat na de vrijheid van Indië niet kon wennen aan het Hollandse keurslijf. Ook deze internaats- en kostschoolervaringen bij onder andere Jongenspensionaat 'St. Maria Ter Engelen' Bleijerheide van de broeders Franciscanen te Bleijerheide verwerkte hij in zijn werk, zoals in zijn roman Het hout (2014), waarvan in 2018 ook een toneelbewerking verscheen. Zijn ouders waren inmiddels verhuisd naar Delft. Daar haalde Jeroen Brouwers in 1955 het mulo-diploma.
Na enkele maanden te hebben gewerkt bij een bank op de afdeling effecten vervulde hij van 1958-1961 de militaire dienst. Hij zwaaide af als kwartiermeester der Speciale Diensten: Marine Inlichtingen Dienst (MARID). Na zijn dienstplicht ging hij in 1961 in Nijmegen als leerling-journalist werken bij het krantenconcern De Gelderlander. Hij maakte tevens deel uit van de redactie van het soldatenblad Salvo.

In 1962 werd hij aangenomen bij De Geïllustreerde Pers in Amsterdam. Hij werd lid van de redactie van het blad Romance (later Avenue). In 1964 debuteerde hij met de verhalenbundel Het mes op de keel. Van 1964 tot 1976 werkte Brouwers in Brussel als redactiesecretaris en later als (hoofd)redacteur bij Uitgeverij Manteau. Van 1968 tot 1971 woonde hij met zijn eerste vrouw Nel Berns en twee zoons Daan Leonard (1965-2006) en Pepijn (1968) in Vossem. In 1970 heeft hij een verhouding met de tien jaar jongere Anne Walravens. De zelfmoord van Anne in 1973 is een sleutelmoment in het werk en leven van Brouwers. In Huize Krekelbos te Rijmenam (Bonheiden) schrijft hij zijn oermanuscript, waaruit hij later vele romans haalt. Dit oermanuscript is later uitgekomen als In het midden van de reis door mijn leven.

Na onenigheid met directeur Julien Weverbergh nam Brouwers ontslag bij Uitgeverij Manteau. Hij ging zich geheel aan het schrijven wijden. Na een periode in Warnsveld (bij Zutphen) betrok hij huize Louwhoek in Exel, in de buurt van Lochem. In 1979 huwde hij, in 1980 werd hun dochter geboren.

In 1991 vestigde Brouwers zich, na de scheiding van zijn vrouw, op een woonboot in Uitgeest. Leven op een woonboot is als ervaring herkenbaar in zijn roman Geheime kamers (2000). In augustus 1993 verhuisde hij naar Zutendaal in Belgisch-Limburg. Deze woning had hij reeds in 1990 aangekocht. Het huis lag echter in een natuurgebied en werd als zodanig niet als een verblijfadres erkend, waardoor Brouwers officieel in Maastricht gedomicilieerd was. Op 8 april 2011 deed de rechtbank in Tongeren uitspraak dat Brouwers vier jaar de tijd had om de woning te slopen.[2] Sinds 2017 woonde hij met zijn partner in Lanaken.[3]

Voor zijn eerste roman, Joris Ockeloen en het wachten (1967), ontving Jeroen Brouwers de Vijverbergprijs. Voor Het verzonkene (1979) krijgt hij in 1980 de Multatuliprijs. De zondvloed (1988) wordt in 1989 bekroond met de F. Bordewijkprijs. De essaybundel Vlaamse leeuwen (1994) wordt bekroond met de Gouden Uil voor non-fictie. Voor het in 2000 verschenen Geheime kamers ontvangt Brouwers de Multatuliprijs, de AKO Literatuurprijs en de Gouden Uil.

In 1993 kreeg Brouwers voor zijn hele oeuvre de Constantijn Huygens-prijs, toen 10.000 gulden waard.

In 2007 kende de Taalunie hem de Prijs der Nederlandse Letteren toe. Hij accepteerde eerst de prijs, maar weigerde deze later, omdat het bijbehorende geldbedrag van 16.000 euro volgens hem niet in overeenstemming was met het prestige van de prijs. Zo leverde alleen een debuutprijs bijvoorbeeld al 15.000 euro op, terwijl de Prijs der Nederlandse Letteren een oeuvreprijs is.[4][5] In dezelfde maand nam Brouwers de Tzumprijs voor de beste literaire zin van 2007 in ontvangst, waaraan een geldbedrag van 52 euro was verbonden. Ook ontving hij in 2007 de cultuurprijs van de gemeente Zutendaal, waaraan geen geldbedrag was verbonden.  

In november 2015 ontving Brouwers voor zijn roman Het hout (2014), de eerste Nederlandse roman over jeugdmisbruik in de katholieke kerk, de ECI Literatuurprijs groot 50.000 euro.

Brouwers werd in 1992 opgenomen in de Orde van de Vlaamse Leeuw en is sinds 1993 Ridder in de Belgische Kroonorde.

In 2018 werd aan hem door de Radboud Universiteit Nijmegen een eredoctoraat toegekend.[6]

Op 10 mei 2021 werd de Libris Literatuurprijs 2021 aan Brouwers toegekend voor zijn boek Cliënt E. Busken.[7]

Op 11 mei 2022 overleed hij na een kort ziekbed.[8]