Bert Wagendorp studeerde Nederlandse Taal- en Letterkunde aan de Rijksuniversiteit Groningen. Daarna was hij enige tijd werkzaam als copywriter in de reclame. In 1985 werd hij sportverslaggever bij deLeeuwarder Courant. In 1988 verhuisde hij naar de Volkskrant. Voor die krant versloeg hij tussen 1989 en 1994 zes keer de Tour de France. Van 1996 tot 2000 was hij correspondent in Londen. In 1995 verscheen zijn roman De Proloog, de beklemmende beschrijving van een doorwaakte nacht van een wielrenner die de proloog van de Tour de France moet winnen. Het boek kreeg uitstekende kritieken en werd in 2001 in het Duits vertaald (Der Prolog). In 2013 verscheen hierop het vervolg; Ventoux.

In 2005 verscheen De dubbele schaar, een met lof overladen bundel met vier fictieve verhalen tegen een min of meer herkenbare, historische sportieve achtergrond. De dubbele schaar werd derde in de verkiezing van het beste sportboek van 2005, de Nico Scheepmaker Beker.

In 2006 kwam het boek Sportleven uit, met zijn verzameld sportwerk, waaronder een keuze uit de sportcolumns die hij tussen 2000 en 2006 schreef voor de Volkskrant. In december 2006 volgde hij Jan Blokker bij de Volkskrant op als algemeen columnist.

Bert Wagendorp is mede-oprichter en redacteur van het literaire wielertijdschrift De Muur. Hij schreef het hoofdverhaal van het boek Tussen Bordeaux en Alpe d'Huez, over de Nederlandse aanwezigheid in de Tour de France. Daarnaast verschenen verhalen van zijn hand in het literaire voetbaltijdschrift Hard Gras en het literaire schaatstijdschrift Zwart IJs.