De film gaat over een jongen die wordt weggestuurd naar een internaat omdat zijn pleegvader op reis gaat want hij is kapitein.
De school gaat een voorstelling geven aan alle mensen.
Jonathan komt op dat internaat en moet mee helpen om een speciaal stuk op te voeren met zijn vrienden.
Ze hadden eerst een stuk over Jezus en Maria maar dat vonden ze zelf erg saai.
Matz is de moedigste van het stel hij zit ook op boksen en iedereen is een beetje bang voor hem. Martin is de sluwste en de nuchterste van het stel. Kreuzkamm junior is de slimste van het stel en Uli is het “mietje” die niks durft. Jonathan dacht dat hij hier helemaal niet lang hoefde te blijven omdat hij al acht internaten had bezocht omdat zijn pleegvader bijna altijd weg was en moest reizen. Jonathan zijn ouders zijn beide dood.
Jonathan had een klein hondje gevonden maar in het internaat mochten geen honden en daarom bedachten zijn vrienden dat ze hem wel in een verlaten wagon konden doen, hun schuil plek, want daar kwamen zij regelmatig.
Toen op een dag dat ze weer in de wagon bezig waren kwam er op eens een man naar binnen lopen. Het was de wagon van die man waar ze elke keer in kwamen zei hij, maar die wagon was van niemand want Robert was eigenlijk een zwerver hij woonde alleen in die wagon.
Toen lieten ze de man in de woonwagen slapen zo lang hij maar op het hondje paste. Dat vond Robert niet erg. Op een dag kwamen ze weer in de woonwagen en vond iemand een geheim luikje het was een nieuw spel het was een nummer geschreven door iemand en dat wouden ze gaan zingen in plaats van het oude lied.
Het lied heette Das Fliegende Klassenzimmer.
Het verhaal speelde zich af in Leipzig daar moesten ze eerst voor de TV een optreden doen maar toen ze wilden beginnen kwamen er kinderen en die stolen het notenboek van wat ze moesten zingen. Kreuzkamm die op de notenboeken moest letten ging er achter aan en wou hem terug halen maar hij werd ontvoerd door de bende. De bende was tegen deze kinderen omdat ze hen maar sukkels vond maar Kreuzkamm zijn vrienden gingen er achter aan en probeerde hem te bevrijden. De bende wou hem niet los laten tenzij ze een idioot bod aannamen. Matz ging een gevecht met hun band leider aan. Matz die won maar ze wilden hem nog steeds niet los laten. De vrieden hadden een plan bedacht om Kreuzkamm te redden en dat lukte ook. Ze lokte een sneeuwbal gevecht uit en dan zouden Martin en Matz snel Kreuzkamm bevrijden. Toen Kreuzkamm bevrijd was wou Uli niet meer meedoen aan een toneelstuk dat ze gingen doen want hij moest toch het meisje weer zijn. De andere band leider Mona was toen verliefd op Jonathan. Mona wou wel meedoen aan het stuk en dat deed ze dan ook. Uli was een erg bijzonder figuur want na dat ze klaar waren met vechten ging Uli met bewijzen dat hij geen “mietje” was. Hij sprong met twee ballonnen van een standbeeld af maar de ene ballon liep leeg en toen klapte Uli op de grond. Hij deed dit omdat er altijd van hem werd gezegd dat hij een “mietje” was.
Dr. Johann ook wel Justus genoemd was niet blij dat Uli zoiets raars deed.
Robert ook wel “Nichtraucher” genoemd zag Justus toen, ze kende elkaar al erg lang van toen de tijd dat zij op het internaat zaten. De vrienden moesten nog een stuk opvoeren maar toen Justus het hoorde wou hij niet dat het stuk op gevoerd werd en hij was erg boos. Jonathan werd zo boos omdat ze moeilijk nog een heel ander stuk konden op voeren trapte toen tegen de vulkaan aan en toen kwam er echt vuur uit. De vrienden moesten toen bij Justus komen om een verklaring af te leggen wie het had gedaan. Iedereen vroeg waarom ze het stuk niet mochten opvoeren. En Justus moest wel een verklaring afleggen nadat Jonathan had toegegeven dat hij tegen de vulkaan aan had geschopt. Justus legde uit dat hij het stuk had geschreven maar dat hij het niet mocht uitvoeren toen hij ook nog op school zat. Hij was een van de vervelendste leerlingen vond de vorige koorleider.
Justus zag dat de vrienden zo goed met elkaar om gingen dat hij het toch toe liet ze mochten Das Fliegende Klassenzimmer toch spelen.
Het was een groot succes en nadat ze Das Fliegende Klassenzimmer hadden uitgevoerd werden alle kinderen weer door hun ouders opgehaald.